ไม่ทราบแน่ชัดว่าสร้างเมื่อไร สันนิษฐานว่าเริ่มสร้างสมัยพระเจ้าบรมโกศแห่งกรุงศรีอยุธยา ผู้ที่สร้างวัดนี้เป็นหญิงม่าย ๓ คน สร้างวัดนี้ให้เป็นที่พำนักของพระภิกษุรูปหนึ่งที่ลอยเรือจอดอยู่ เมื่อครั้งตอนที่ถางป่าเตรียมสร้างวัด คนงานพบแหวนทองคำโบราณที่ใต้ต้นตะโก จึงเรียกชื่อวัดนี้ว่า “วัดตะโกทอง” ต่อมาภายหลังได้เรียกชื่อว่าวัดกลาง เพราะเหตุว่าอยู่ระหว่างวัดนอก  (วัดพิชัยสงคราม)

ใน พ.ศ. ๒๓๑๐ พม่ายึดกรุงศรีอยุธยาได้เมืองปากน้ำถูกทหารพม่าเข้ามากวาดต้อนผู้คน อาจารย์ชีเจ้าอาวาสหนีหายไป อาจารย์ดา มหาอินทโชติน้องชายเจ้าอาวาส และญาติหนีไปอยู่บ้านคานรูด อำเภอขลุง จังหวัดจันทบุรี วัดนี้จึงถูกทิ้งล้างไป เมื่อสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชขับไล่พม่าไปแล้ว อาจารย์ดาและญาติได้กลับมาที่วัดกลาง ช่วยกันบูรณะซ่อมแซมวัดให้เหมือนเดิม ในสมัยรัชกาลที่ ๓ ทรงเสด็จเมืองปากน้ำอยู่เนืองๆ จึงโปรดให้มีการปฏิสังขรณ์พระอารามทั้งหมด และวัดนี้ได้ถูกยกเป็นพระอารามหลวงในสมัยรัชกาลที่ ๖

ปัจจุบันวัดแห่งนี้เป็นศูนย์กลางของการศึกษาพระพุทธศาสนาของจังหวัดสมุทรปราการ ได้ส่งเสริมการศึกษาธรรมะของพระภิกษุ สามเณรและประชาชนเป็นอย่างมาก อีกทั้งใช้เป็นที่ประกอบพิธีทางศาสนาของจังหวัดอีกด้วย